4月13日，燕京啤酒2016中国足协杯第二轮比赛继续进行，共有15支球队确定晋级第三轮比赛，武汉宏兴与武汉卓尔于4月14日争夺最后一个晋级名额。
    　天津权健本轮客场对阵中乙新军苏州东吴，也许是出于足协杯可直接参加亚冠的考虑，权健派出了包括张鹭、孙可、赵旭日和吴伟超在内的多名主力球员。但仅以1球战胜对手，主帅卢森博格对本队表现并不满意，同时对对手的发挥赞赏有加。天津权健将在下轮与重庆力帆交锋。
    　来自京城的两支球队也都顺利晋级下轮比赛，北京人和做客塞上江南，凭借老将韩鹏和向汉天的进球，最终2比1战胜宁夏山屿海，他们将在足协杯第三轮对阵石家庄永昌。另一场比赛中，靳辉助攻陈浩玮打入全场唯一进球，北控燕京1比0艰难战胜青岛鲲鹏，将在下轮挑战实力强大的上海上港。
    　本轮足协杯还出现了几场点球决战，沈阳城市建设90分钟内与上海申鑫战成1比1，但在点球大战中惜败于上海申鑫，值得一提的是，一年之前两支球队还分别征战于中超和业余联赛。上海申鑫的下轮对手将是长春亚泰。广州昊昕与贵州智诚同样是通过点球大战决出胜负，广州昊昕总比分5比3晋级，他们下轮的对手将是天津泰达。
    　两支业余球队在首日比赛中爆出了冷门，大连博阳1比0力克湖南湘涛，闯入第三轮后，也获得了与中超球队杭州绿城过招的机会。上海嘉定城发战胜浙江毅腾，下轮对手将是中超新贵河北华夏幸福。
   　 另外几场比赛中，肇庆恒泰主场面对梅州客家虽然一度扳平比分，但对手在下半场连入3球，最终1比5败下阵来；内蒙古中优一球小胜梅州铁汉生态；海口博盈海汉三球完胜深圳佳兆业；上海聚运动0比1惜败于新疆雪豹；黑龙江火山鸣泉0比3负于青岛中能；丽江飞虎2比1力克青岛黄海；保定容大0比2不敌大连一方；成都钱宝三球完胜大连超越。