5月11日，燕京啤酒2016中国足协杯第三轮比赛继续进行，中超球队大多成功晋级，丽江飞虎则将代表中乙球队参加下轮角逐。大连博阳将与杭州绿城在5月12日争夺最后一个16强名额。
    广州富力客场挑战海口博盈海汉，由于中超球队在对阵中乙球队时无法使用外援，广州富力以部分本土主力加年轻队员的阵容出战。主队在比赛中率先破门，客队直到第90分钟才由唐淼扳平比分，最终富力通过点球大战惊险晋级。
    两支中超新贵都在与业余球队的交锋中惊险晋级，河北华夏幸福的对手是上海嘉定城发，主队在顽强抵抗93分钟后终被华夏幸福的杜威点球绝杀；中超至今不败的江苏苏宁客场对阵武汉宏兴，最终凭借高中锋戈伟第99分钟的进球闯入下一轮。
    中甲的两支京城球队本轮足协杯均告失利。北京人和主场与石家庄永昌的比赛可谓势均力敌，最终客场作战的永昌凭借吕建军上半场的一记头球获得比赛胜利；北控燕京的对手则是实力强大的上海上港，主队下半场因犯规被罚下一人，武磊终场前的头球绝杀助客队晋级下轮比赛。
    此外，天津两支球队顺利晋级，天津泰达7比1狂胜业余球队广州昊昕，天津权健主场4球大胜重庆力帆。两支来自吉林的中超球队延边富德和长春亚泰均在点球大战中落败，分别败给丽江飞虎和上海申鑫。大连一方主场与河南建业的比赛竞争非常激烈，主队两次领先，客队两次扳平，最终河南建业在点球大战中笑到了最后。成都钱宝主场1比3不敌辽宁宏运。
    在几支中超传统强队与中甲球队的对决中，广州恒大2比0力克呼和浩特中优；北京国安和山东鲁能均以3比0分别胜新疆天山雪豹和梅州客家；上海申花5比0大胜青岛中能。