所办公室：负责研究所日常行政事务管理工作。包括协助所领导组织拟定全所的发展规划，综合协调工作，重要事项督办工作，所长会、所务会和所重要会议与活动的组织，公文管理，印章管理，档案管理，固定资产管理，政府采购管理，信息化管理，信息宣传，所展室管理，公共安全管理，保密工作，信访工作，公务车辆管理，公费医疗管理，计划生育工作，办公用房管理等。

党委办公室：党委办公室是所党委、纪委和群众工作的综合办事机构。协助党委拟订工作计划并组织实施；负责党委会秘书工作；承担党委领导下的组织学习和组织建设，以及党的宣传、统战、精神文明建设、党风廉政建设和反腐倡廉等工作，协助党委协调工会、共青团等群众组织工作；在所纪委的领导下负责党内监督、执纪和问责，以及全所的监察等工作。

人事处：负责研究所在编职工、项目聘用人员和博士后的日常人事管理工作。包括协助所领导制定人才队伍建设和发展规划；承担人事制度改革工作；负责所属机构与岗位管理；负责人员聘用、职称评审、优秀人才引进和干部选拔任免工作；负责薪酬福利和各种社会保障事务的管理工作；综合协调组织全所职工的绩效管理和考核工作；负责职工继续教育与培训管理、出国留学管理工作；负责人事调配工作；负责人事档案管理管理工作；负责人事基础数据维护、人事信息统计等工作。

科技管理处：负责研究所科研规划，争取科研资源，科研项目的全过程管理，科研绩效统计，科研成果管理，成果转移转化相关管理工作，国内外学术交流与合作，外事管理，科研仪器设备规划及相关管理工作，重点实验室管理，维修专项经费管理等。负责研究生招生、教育、培养和管理，导师队伍建设，学科培养点建设工作等。承担科学技术委员会、学位评定委员会办公室职责。

财务处：负责研究所财务规划，财务管理（含预决算），财务审计，住房公积金管理，工资发放管理，财务统计，日常财务工作（借款、报销），政府采购资金的使用、国有资产的资金管理，中国体育科学学会、工会等机构会计核算管理等。

科技成果转化管理处：负责制定体育科技开发管理规划和办法，全所科技开发工作的组织、协调和管理，所无形资产管理工作，有关固定资产开发工作，管理与企业间的科技开发与合作项目，经营性合同的管理，经营实体的运营和管理工作等。

离退休人员工作处：负责研究所离退休人员的日常管理与服务工作。包括落实离退休人员的政治和生活待遇；接待、处理离退休人员的来信、来访；协助离退休党支部开展工作等。

学会秘书处：学会秘书处是中国体育科学学会的常设办事机构，承担其日常管理工作。中国体育科学学会的主要工作任务是：组织开展国内外体育学术交流活动；组织评审并颁发体育科技奖励；组织开展体育科普活动；组织开展继续教育活动和各类体育咨询活动；组织开展体育科研课题研究、成果推广、转化、开发及鉴定工作；举办各类体育科技、科普展览和展示会；编辑出版体育科技书籍、期刊、科普读物和信息资料；负责与境外体育科技团体和个人的联系与交往；承担体育总局委托工作、承担中国科协委托工作等。

后勤服务中心：负责研究所科研基础设施建设和维护，职工住房管理，单身职工和研究生集体宿舍管理，办公楼及职工宿舍物业管理，集体户口管理，会议室管理与服务，传达收发文印等其它行政事务工作。